Avec les expressions : « spontanément », « il se présente à l'esprit une réponse ou une idée », « instinctivement », Claude Bernard souligne la spontanéité de la procédure mentale mise en œuvre.
Un regard même rapide sur ce qui s'est effectivement produit nous enseigne que les grands progrès de connaissance scientifique n'ont été que pour une faible part réalisés de cette manière Si le chercheur, en effet abordait les choses sans la moindre idée préconçue comment pourrait-il dans l'incroyable complexité de tout ce qui fournit I'expérience isoler des faits bruts assez simples pour qu'apparaisse la loi à laquelle ils obéissent? Illustrons ce propos par ce texte où le grand physiologiste Claude Bernard (1813.1878) décrit sa propre démarche. Il pourra aussi croire à l'existence d'une limite idéale de la connaissance que l'esprit humain peut atteindre. Non, car que faut-il observer ? En revanche, il est nécessaire de hasarder des hypothèses pour orienter une recherche. En savoir + La Philosophie des sciences Dominique Lecourt. Il observe ce qui confirme ou infirme l'idée préconçue ayant orienté ses recherches. Et regroupant ensuite ces régularités, on en fait apparaître de nouvelles plus générales, jusqu'à obtenir un système plus ou moins unitaire capable de rendre compte de l'ensemble des faits donnés, de telle manière que, par une démarche inverse, purement intellectuelle, l'esprit puisse, à partir des dernières généralisations effectuées, retrouver à nouveau les faits isolés. Il faut « Une compréhension intuitive de ce qui est essentiel dans un ensemble complexe de faits amène le chercheur à poser une ou plusieurs lois fondamentales à titre d'hypothèses.
Mais le chercheur croit certainement qu'à mesure que ses connaissances s'accroîtront, son image de la réalité deviendra de plus en plus simple et expliquera des domaines de plus en plus étendus de ses impressions sensibles. L'erreur de l'empirisme est donc de méconnaître que l'observation et l'expérimentation scientifiques présupposent des idées dont le rôle est de guider le savant dans « l'incroyable complexité » du donné. Le Mais pour prouver que mes lapins à jeun étaient bien des carnivores, il y avait une contre-épreuve à faire. En voyant l'urine acide chez les lapins, je me suis demandé instinctivement quelle pouvait en être la cause. Les questions centrales sont "Qu'est-ce que la science?" L'homme ne peut pas prendre le point de vue de Sirius par lequel il pourrait, ayant la connaissance du réel tel qu'il est en soi et celle de la représentation scientifique de ce réel, se prononcer sur leur correspondance exacte. Est-ce en multipliant les observations et en induisant à partir d'elles un énoncé général ? Si donc la première des tâches est déjà accomplie dans un certain domaine et pour un certain ensemble de relations, il ne manquera pas de réussir par un travail et un raisonnement persévérants. Par exemple, que la colonne de mercure diminue ou non en transportant la cuve à mercure au sommet d'une montagne est un fait significatif relativement à l'hypothèse de Torricelli ou de Pascal. Comment ont été réalisés « les grands progrès de la connaissance scientifique » ? Je trouvai que l'abstinence produit, comme chez le lapin, une prompte acidité de l'urine, avec un accroissement relativement très considérable de l'urée, au point qu'elle cristallise parfois spontanément dans l'urine refroidie, J'arrivai ainsi, à la suite de mes expériences, à cette proposition générale qui alors n'était pas connue, à savoir, qu'à jeun tous 1es animaux se nourrissent de viande, de sorte que les herbivores ont alors des urines semblables à celles des carnivores.